La cromatografía combinada con un sistema de espectrometría de masas de triple cuadrupolo se denomina GC-MS/MS o LC-MS/MS. El MS de triple cuadrupolo proporciona un mayor nivel de selectividad y es el más adecuado para los análisis que requieren la máxima sensibilidad. Este suele ser el caso de la cuantificación de pesticidas en alimentos o contaminantes ambientales. Los sistemas GC-MS/MS suelen funcionar en modo de monitorización selectiva de reacciones (SRM). La alta selectividad del SRM ayuda a reducir las interferencias de los iones de fondo y produce una elevada relación señal/ruido para una excelente capacidad de detección.